学校前身为二十世纪50年代初期创办的南京市上新河中学和80年代创办的南京市南湖一中两校的高中部，2007年4月18日两校合并命名为南京市建邺高级中学。
至2017年，高中所有年级已搬至新校区--建邺区富春江东街80号，整体占地面积66800平方米，在校生数998名，教职工共143名 。
